二OO六年院科研投入資助項目十月份開始申報，第一批申報項目共15項。經過初審，10個項目進入了院技術委員會的最終評審，院評審會于12月9日召開。申報人介紹和答辯后，評委對各項目進行量化評審，最終確定對6個項目給予資助，總資助金額為140萬元，項目名稱如下：
重點資助項目：
　　“高效旱田除草劑嗪草酸甲酯合成工藝”?。ㄞr藥所）
　　“唑醇類農藥定向合成的通用技術開發”?。ㄞr藥所）
　　“噴墨染料及墨水、液體染料和光穩定劑系列產品”（染料所）

前期投入資助項目：
　　“手性農藥金都爾合成工藝研究”　　　　 （農藥所）
　　“顆粒活性炭-生物處理技術(GAC—FBR)研究”（設計工程中心）
　　“新型環保殺菌光漂劑——磺酸基鹵素鋁酞菁的合成與應用”
　　　　　　　　　　　　　　　　　　　 （設計工程中心）