理論計算機科學是最基本的計算機科學組成部分，在國際上一直頗受重視。三方聯合中心在成立初期將重點研究算法設計與復雜性分析、計算安全、量子計算等基礎課題，以后逐步將研究方向擴展到與國計民生相關的現代課題，如計算生物學、機器學習等。聯合研究中心的成立為進一步加強國際合作交流，為從事該領域研究的師生拓寬研究眼界、提升研究素養提供了便利的國際化平臺。

　 三校聯合研究中心的承擔單位分別為：清華大學理論計算機科學研究中心(ITCS)、麻省理工學院計算機科學與人工智能實驗室(CSAIL)和香港中文大學理論計算機科學與通訊科學研究所(ITCSC)。清華大學理論計算機科學研究中心在圖靈獎得主姚期智的領導下現已初具規模，并日漸在國際展露頭角；美國麻省理工學院計算機科學與人工智能實驗室一直以來是國際理論計算機科學界的研究翹楚；香港中文大學計算機科學與通訊科學研究所近年來發展迅速，已成為香港地區理論計算機科學領域的發展新星。

　 研究中心主任由清華大學姚期智教授及麻省理工學院Silvio Micali教授擔任。姚期智表示，該中心將通過學生交換、師資交流和聯合開展國際研究項目等方式開展廣泛合作，整合利用國際優秀教育資源，進一步提升中國在世界計算機科學領域的地位和影響力。